在饮料，果汁等过程中，臭氧水可用于管路、设备及盛装容器的浸泡和冲洗，从而达到消毒灭菌的目的。采用这种浸泡、冲洗的操作方法，一是管路、设备及盛装容器表面上的细菌、病毒大量被冲淋掉；二是残留在表面上的未被冲走的细菌、病毒被臭氧杀死，非常简单省事，而且在中不会产生死角，还 避免了中使用化学消毒剂带来的化学毒害物质排放及残留等问题。另外，利用臭氧水对设备的消毒灭菌技术结合膜分离工艺、无菌灌装系统等，在酿造工业中用于酱油、醋及酒类的，可提高产品的质量和档次。

在食品厂，臭氧气体用于食品加工间、贮藏室与加工设备消毒是非常方便、有效的。传统的消毒方法是用甲醛等化学试剂熏蒸，众所周知，甲醛熏蒸的弊病较多，国外近期研究证明，在控制空气微生物方面，臭氧是甲醛和其他化学熏剂的替代物。通过化学雾化、紫外线与臭氧作消毒剂的对照试验，结论是臭氧既有效又无残留，臭氧“大大抑制”了加工设备大肠杆菌群小球菌和酵母菌的生长。

    其方法是：（1）将臭氧发生器直接放在空调净化系统的风道中称为内置臭氧发生器。臭氧随着风道的气流，送入各洁净区，对洁净区进行消毒灭菌，剩余臭氧吸入回风口，由中央空调带走。（2）可以将臭氧发生器放在中央空调风口的外面，将臭氧打入中央空调的风道中，然后被送入各洁净区，或采用台式自带风机臭氧发生器，多点设计将臭氧散布在洁净区内，统称为外置式臭氧发生器。外置式臭氧发生器安装检修方便，但制造成本要高一点。（3）采用臭氧发生器连接导气管和曝气系统，在车间顶部布设曝气管网，将臭氧送入洁净区。几种方法消毒效果都是一样的。从使用臭氧进行灭菌的食品厂的检测报告可看到，菌检全部合格， 替代了令人头痛的甲醛熏蒸大消毒。同时，使非常作业减少，能耗减少，取得了满意的效果。